山下 理宇

医学・生物学から日々生み出されるデータ量は、コンピュータの計算能力を凌駕する勢いで生産され続けてきています。これらの大量のデータを統合して新知識を導き出すことは、既存の医学・生物学の知識の組み合わせが不可欠です。現在、効率の良い解析パイプラインを構築するだけでなく、そこから状況に応じて情報抽出方法を最適化するなど大量データから有意義な情報の抽出を目指しています。

職名

• トランスレーショナルインフォマティクス分野　ユニット長
• 東京大学大学院　新領域創成科学研究科　メディカル情報生命専攻　情報生命科学群　がんメディカルインフォマティクス分野　客員准教授
• 東京理科大学大学院　生命科学研究科　生命科学専攻　分子病態学専攻分野　客員准教授

専門領域

分子生物学、バイオインフォマティクス

Key word

がん変異解析、転写・翻訳制御、データベース、non-coding RNA、メタゲノム解析

現在の主な研究テーマ

• 医学・生物学ビッグデータを用いた統合解析による新知識の発見
• 転写・翻訳制御機構から迫るがんの発生・進行メカニズムの解明
• がん変異と糞便メタゲノムの統合解析

共同研究が可能なテーマ

• メタゲノム解析
• 転写・翻訳制御解析
• バイオインフォマティクス解析
• マルチオミックス解析

メールアドレス

riuyamas●east.ncc.go.jp（●は@に置き換えてください）

略歴

• 1997年　東邦大学理学部生物学科卒業
• 2002年　奈良先端科学技術大学院大学バイオサイエンス研究科博士後期課程単位取得退学
• 2002年　東京大学情報理工学研究科　科学技術振興特任研究員
• 2005年　奈良先端科学技術大学院大学バイオサイエンス研究科博士号（バイオサイエンス）取得
• 2005年　東京大学医科学研究所　ヒトゲノム解析センター　特任助手
• 2007年　東京大学医科学研究所　ヒトゲノム解析センター　特任助教
• 2008年　東京大学医科学研究所　フロンティア研究拠点　特任助教
• 2012年　東北大学 メディカル・メガバンク機構　ゲノム解析部門　准教授
• 2015年　東北大学 メディカル・メガバンク機構　バイオバンク部門　准教授
• 2018年　現職

主な所属学会

• 日本分子生物学会
• JSBi学会
• 日本産婦人科学会
• NGS現場の会
• 日本オミックス医療学会

Publications

1. Saito S, Aoki Y, Tamahara T, Goto M, Matsui H, Kawashima J, Danjoh I, Hozawa A, Kuriyama S, Suzuki Y, Fuse N, Kure S, Yamashita R, Tanabe O, Minegishi N, Kinoshita K, Tsuboi A, Shimizu R, Yamamoto M., Oral Microbiome Analysis in Prospective Genome Cohort Studies of the Tohoku Medical Megabank Project., Front Cell Infect Microbiol . 2021 Jan 29;10:604596.
2. Nakamura Y, Taniguchi H, Ikeda M, Bando H, Kato K, Morizane C, Esaki T, Komatsu Y, Kawamoto Y, Takahashi N, Ueno M, Kagawa Y, Nishina T, Kato T, Yamamoto Y, Furuse J, Denda T, Kawakami H, Oki E, Nakajima T, Nishida N, Yamaguchi K, Yasui H, Goto M, Matsuhashi N, Ohtsubo K, Yamazaki K, Tsuji A, Okamoto W, Tsuchihara K, Yamanaka T, Miki I, Sakamoto Y, Ichiki H, Hata M, Yamashita R, Ohtsu A, Odegaard JI, Yoshino T., Clinical utility of circulating tumor DNA sequencing in advanced gastrointestinal cancer: SCRUM-Japan GI-SCREEN and GOZILA studies., Nat Med. 2020 Dec;26(12):1859-1864 
   
3. Ishizawa K, Yamanaka M, Saiki Y, Miyauchi E, Fukushige S, Akaishi T, Asao A, Mimori T, Saito R, Tojo Y, Yamashita R, Abe M, Sakurada A, Pham NA, Li M, Okada Y, Ishii T, Ishii N, Kobayashi S, Nagasaki M, Ichinose M, Tsao MS, Horii A., CD45+CD326+ Cells are Predictive of Poor Prognosis in Non-Small Cell Lung Cancer Patients., Clin Cancer Res. 2019 Nov 15;25(22):6756-6763
4. Minegishi N, Nishijima I, Nobukuni T, Kudo H, Ishida N, Terakawa T, Kumada K, Yamashita R, Katsuoka F, Ogishima S, Suzuki K, Sasaki M, Satoh M, Tohoku Medical Megabank Project Study Group, Yamamoto M., Biobank Establishment and Sample Management in the Tohoku Medical Megabank Project., Tohoku J Exp Med. 2019 May;248(1):45-55.
5. Ohta T, Kawashima T, Shinozaki NO, Dobashi A, Hiraoka S, Hoshino T, Kanno K, Kataoka T, Kawashima S, Matsui M, Nemoto W, Nishijima S, Suganuma N, Suzuki H, Taguchi YH, Takenaka Y, Tanigawa Y, Tsuneyoshi M, Yoshitake K, Sato Y, Yamashita R, Arakawa K, Iwasaki W., Collaborative environmental DNA sampling from petal surfaces of flowering cherry Cerasus × yedoensis 'Somei-yoshino' across the Japanese archipelago.,
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