センター内並びにセンター外研究機関と連携し、ゲノム・エピゲノム・メタゲノム解読を中心とした情報解析・統合解析の手法について、研究・開発を進めています。基礎的な解析として、次世代シークエンサーが産出するがんゲノム配列から、体細胞点変異・ゲノム構造異常・融合遺伝子・コピー数異常・レトロトランスポジション・ウィルスゲノム挿入・遺伝子発現・ネオアンチゲン・TCRレパトア・Germline variationなどを解析するプログラムやpipelineを独自に開発して、各プロジェクトで応用しています。また、がん原因遺伝子（がん遺伝子、がん抑制遺伝子）の推定、がん関連パスウェイの推定、体細胞変異シグネチャー（mutational signature）、免疫シグネチャー、Enhancer HijackingやInsulated Neighborhoods Disruptionの推定、がんの進化、Liquid biopsy解析などの二次解析を行うプログラムやpipelineを独自に開発して、各プロジェクトで応用しています。絶えず新しい手法を導入してより精度の高いプログラムの構築、新しいプロジェクトや研究に対応する新しいアルゴリズムの開発に努めています。