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情報解析支援
バイオインフォマティクス部門では共同研究の下、以下の解析支援を実施しています。ご希望の方は、FIOC 連携支援室(Eメール:fioc-renkei and ml.res.ncc.go.jp [and をご変更ください])へご連絡ください。
● DNA-seq
▷マッピング
◇BWA-mem
▷変異検出
◇SNV/Indel:cisCall、Mutect2
◇コピー数変化:cisCall、cnvkit
◇構造異常:cisCall、Manta
▷注釈付け
◇ANNOVAR, VEP
◇OncoKB, Cancer Genome Interpreter
● RNA-seq
▷マッピング
◇STAR
▷遺伝子発現量算出
◇FPKM, TPM
▷DEG(differentially expressed genes)解析
● ChIP-seq
▷マッピング
◇Bowtie2
▷ピークコール
◇MACS
● メチル化アレイ
▷ベータ値・M値からの解析
● その他の次世代シークエンス・データ解析
▷TMB(tumor mutation burden)
▷変異シグネチャー解析
◇SigProfiler
▷MSI(microsatellite instability)
◇MSIsensor
▷HRD(homologous recombination deficiency)
◇ShallowHRD, ScarHRD
● 各種データ解析
▷クラスタリング解析
◇hclust, k-means, 系統樹
▷次元圧縮解析
◇PCA, MDS, tSNE, UMAP
▷パスウェイ・GO(gene ontology)解析
◇DAVID
▷GSEA(gene set enrichment analysis)
◇MSigDB
▷生存時間分析
◇カプランマイヤー曲線
◇log-rank 検定
◇Cox 回帰
▷機械学習
◇Random Forest, xgboost
◇LASSO/ridge 回帰、ガウス過程回帰
▷その他データ解析
◇多変量解析、分散分析、各種検定・推定
▷その他応相談
* 依頼データについては、解析終了後3ヶ月を目処に廃棄します。
* NCC内のクラスタ計算機を使用します。また、必要に応じて東大医科研スーパーコンピュータ、クラウド上計算環境を使用する事も可能です。