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お知らせ一覧

2024年10月18日: 当分野の共同研究の成果がInternational Journal of Molecular Sciences誌に発表されました。
Our lab published a paper in International Journal of Molecular Sciences.
Shinya Hasegawa, …, Mamoru Kato, …, Momoko Nagai, …, Yukari Totsuka.
Whole Genome Sequencing Analysis of Model Organisms Elucidates the Association Between Environmental Factors and Human Cancer Development
IJMS, 2024, Volume 25, Issue 20.
2024年10月3日: 当分野の共同研究の成果がCancer Science誌に発表されました。
Our lab published a paper in Cancer Science.
Takahiro Nishino, …, Eisaku Furukawa, Momoko Nagai, …, Mamoru Kato, Takashi Kohno.
Leveraging non-coding regions to guarantee the accuracy of small-sized panel-based tumor mutational burden estimates Cancer Science, 2024
2024年9月30日: 2024年9月19日
研究発表当研究室主催者（加藤）が第83回日本癌学会学術総会で発表を行いました。
Mamoru Kato presented at The 83st Annual Meeting of the Japanese Cancer Association.
"Development of PDV, Patient-Derived Virtual tumor: Culturing personalized tumor cells in computer for cancer genome medicine."
The 83st Annual Meeting of the Japanese Cancer Association, Fukuoka, Japan, 2024, Sept 19 - Sept 21.
2024年7月1日: 当研究室主催者（加藤）が共同編集者を務めた特集号が出版されました。
A special issue co-edited by Dr. Kato was published.
Evolutionary Biology of Tumor Initiation and Progression
Frontiers in Oncology, 2024.
2024年4月16日: 当分野の共同研究の成果がESMO Open 誌に発表されました。
Our lab published a paper in ESMO Open.
Takashi Kubo et al.
The impact of rare cancer and early-line treatments on the benefit of comprehensive genome profiling-based precision oncology
ESMO Open,2024 Apr 12;9(4):102981
2024年4月12日: 併任部署　がんゲノム情報管理センター（C-CAT）・ゲノムデータ管理室より、がんゲノム医療のゲノムデータを標準化する「がんゲノム検査標準化フォーマット、CATS format」v1.4.0 が公開されました。
For standardization of genomic data in cancer genome profiling tests, "CATS (CAncer genomic Test Standardized) format" v1.4.0 is open to the public by the concurrent Section of Genomic Data Management, Center for Cancer Genomics and Advanced Therapeutics (C-CAT).
2024年4月5日: ICR臨床研究入門（ICRweb) でオンライン講義が公開されました。
がん研究に関連したバイオインフォマティクス入門《講師：西野穣》（外部サイトにリンクします）
2024年4月5日: ICR臨床研究入門（ICRweb) でオンライン講義が公開されました。
バイオインフォマティクスの概要《講師：加藤護》（外部サイトにリンクします）
2024年3月28日: 当研究室の連携大学院生都留雅子さんが修士号を取得されました。
A graduate student, Masako Tsuru, in our laboratory obtained a master's degree.
2024年3月4日: 古川英作さんと当研究室主催者（加藤）による用語解説が発表されました。
A glossary article by Furukawa and Dr. Kato was published.
Eisaku Furukawa, Mamoru Kato
Variant annotation
Cancer Genopedia (Gan Genome Pedia, in Japanese), 2024, 164-165
古川　英作、加藤　護
変異アノテーション
がんゲノムペディア、2024, 164-165
2024年3月4日: 当研究室主催者（加藤）による用語解説が発表されました。
A glossary article by Dr. Kato was published.
Mamoru Kato
Informatics on target sequencing
Cancer Genopedia (Gan Genome Pedia, in Japanese), 2024, 137-138
加藤　護
ターゲットシークエンス情報解析
がんゲノムペディア、2024, 137-138
2023年12月25日: 当分野の共同研究がnpj Precision Oncology誌に発表されました。
Our lab published a paper in npj Precision Oncology.
Bunpei Miyazaki et al.
Promoter swapping of truncated PDGFRB drives Ph-like acute lymphoblastic leukemia.
npj Precision Oncology, 2023, ７, 132.
2023年12月1日: 当研究室主催者（加藤）が全ゲノム解析等事業実施準備のため
シンガポールPRECISEおよびSTCCの
Patrick Tan 博士、Michal Marek Hoppe 博士を訪問しました。
Mamoru Kato visited Drs Patrick Tan and Michal Marek Hoppe of PRECISE and STCC in Singapore in preparation for the planned public service of whole genome analysis in Japan.（外部サイトにリンクします）
2023年11月8日: 当分野の共同研究がNature communications 誌に発表されました。
Our lab published a paper in Nature Communications.
Kana Shimomura et al.
Sleeping Beauty transposon mutagenesis identified genes and pathways involved in inflammation-associated colon tumor development.
Nature communications, 2023, 14, 6514.1-16
2023年10月9日: アイルランドゴールウェイ大学の大学院生Harrison Anthonyさんが、当研究室に訪問学生として３か月滞在します。
Harrison Anthony, a graduate student from University of Galway
, Ireland, is visiting our laboratory as visiting student for three months.
2023年9月29日: 2023年9月25日
当研究室主催者（加藤）が共同執筆を務めたエディトリアルが出版されました。
An editorial co-authored by Dr. Kato was published.
Editorial: Advances in mathematical and computational oncology, volume III
Frontiers in Oncology, 2023.
2023年9月29日: 2023年9月23日
研究発表当研究室主催者（加藤）が第82回日本癌学会学術総会で発表を行いました。
Mamoru Kato presented at The 82st Annual Meeting of the Japanese Cancer Association.
"From the understanding of cancer evolution to the creation of cancer evolution simulator for genome medicine."
The 82st Annual Meeting of the Japanese Cancer Association, Yokohama, Japan, 2023, Sept 21 - Sept 23.
2023年9月29日: 2023年9月23日
当研究室主催者（加藤）が日本癌学会 JCA-永山賞を共同受賞しました。
Mamoru Kato was jointly awarded the JCA-Nagayama Award from the Japanese Cancer Association.
2023年7月14日: 併任部署　がんゲノム情報管理センター（C-CAT）・ゲノムデータ管理室より、がんゲノム医療のゲノムデータを標準化するため、「がんゲノム検査標準化フォーマット、CATS format」v1.3.0 が公開されました。
For standardization of genomic data in cancer genome profiling tests, "CATS (CAncer genomic Test Standardized) format" v1.3.0 is open to the public by the concurrent Section of Genomic Data Management, Center for Cancer Genomics and Advanced Therapeutics (C-CAT).
2023年6月23日: 当分野の共同研究の成果がNature Communications誌に発表されました。
Our lab published a paper in Nature Communications.
Mihoko Saito-Adachi, Natsuko Hama, …, Mamoru Kato, …, Tatsuhiro Shibata.
Oncogenic structural aberration landscape in gastric cancer genomes
Nature Communications, 2023, 14, 3688
2023年3月22日: 当分野の共同研究の成果がNature Genetics誌に発表されました。
Our lab published a paper in Nature Genetics.
Yasushi Totoki, Mihoko Saito-Adachi, …, Hanako Ono, …, Mamoru Kato, …, Tatsuhiro Shibata
Multiancestry genomic and transcriptomic analysis of gastric cancer
Nature Genetics, 2023, doi: 10.1038/s41588-023-01333-x
2023年2月3日: 当研究室主催者（加藤）が共同監修を務めた教材テキストが公表されました。
A textbook co-edited by Dr. Kato was published.
厚生労働省委託事業「がんの全ゲノム解析に関する人材育成推進事業」
URL：https://www.mhlw.go.jp/stf/seisakunitsuite/bunya/0000204873_00006.html
　　　令和４年度　研修テキスト
　　　入門編応用編実践編
2023年2月3日: 当研究室主催者（加藤）が共同編集者を務めた特集号が出版されました。
A special issue co-edited by Dr. Kato was published.
Advances in Mathematical and Computational Oncology, Volume III.
Frontiers in Oncology, 2023.
2022年11月26日: 当研究室主催者（加藤）が書いた指針参考資料が発表されました。
A reference written by Dr. Kato to the guidelines was published.
Mamoru Kato
Bioinformatics analysis for NGS data
General guidelines for cancer genome testing (in Japanese), The Japanese Society of Pathology and Japanese Society of Laboratory Medicine, 2022, 56-67
加藤　護
NGSデータのバイオインフォマティクス解析
日本病理学会、日本臨床検査医学会　「がんゲノム検査全般に関する指針」参考資料、2022, 56-67
2022年11月7日: 当分野の共同研究の成果がCancer Discovery誌に発表されました。
Our lab published a paper in Cancer Discovery.
Takashi Kohno, Mamoru Kato, Shinji Kohsaka, Tomohisa Sudo, Ikuo Tamai, Yuichi Shiraishi, Yusuke Okuma, Daisuke Ogasawara, Tatsuya Suzuki, Teruhiko Yoshida, Hiroyuki Mano
C-CAT: The National Datacenter for Cancer Genomic Medicine in Japan
Cancer Discov, 2022, 12, 2509-2515
2022年11月7日: 当分野の共同研究の成果がCancers誌に発表されました。
Our lab published a paper in Cancers.
Motoo Nagane, Koichi Ichimura, Ritsuko Onuki, Daichi Narushima, …, Mamoru Kato, Ryo Nishikawa
Bevacizumab Beyond Progression for Newly Diagnosed Glioblastoma (BIOMARK): Phase II Safety, Efficacy and Biomarker Study
Cancers, 2022 (accepted)
2022年10月3日: 2022年10月1日
研究発表当研究室主催者（加藤）が第81回日本癌学会学術総会で発表を行いました。
Mamoru Kato presented at The 81st Annual Meeting of the Japanese Cancer Association.
" Cancer-cell evolution simulator based on genomic data for cancer personalized medicine."
The 81st Annual Meeting of the Japanese Cancer Association, Yokohama, Japan, 2022, Sept 29 - Oct 1.
2022年9月7日: 2022年9月5日
研究発表当研究室主催者（加藤）が 2022年度数理生物学会年会で発表を行いました。
Mamoru Kato presented at Japanese Society for Mathematical Biology 2022.
"Cancer-cell evolution simulator based on patient's genomic data for cancer personalized medicine."
The Japanese Society for Mathematical Biology 2022, Virtual, 2022, September 5-7
2022年7月15日: 当分野の共同研究の成果がCarcinogenesis誌に発表されました。
Our lab published a paper in Carcinogenesis.
Hironori Satoh, Yasuhito Arai, Eisaku Furukawa, ..., Mamoru Kato, ..., Tatsuhiro Shibata.
Genomic landscape of chemical-induced lung tumors under Nrf2 different expression levels.
Carcinogenesis, 2022
2022年4月20日: 当研究室主催者（加藤）による総説が発表されました。
A review article by Dr. Kato was published.
Mamoru Kato
Variant analysis in cancer genome medicine
Pathology and Clinical Medicine (Byouri-to Rinsyou, in Japanese), 2022, 40, 70-76
加藤　護
がんゲノム医療における変異解析
病理と臨床、2022, 40, 70-76
2022年4月20日: 当研究所生物情報学分野の論文がEMBO Reports誌に掲載されました。
The Division of Bioinformatics has published a paper in 'EMBO Reports'.
Yusuke Suenaga, Mamoru Kato, Momoko Nagai, ..., Takashi Makino.
Open reading frame dominance indicates protein-coding potential of RNAs.
EMBO Rep, 2022
2022年2月21日: 併任部署　がんゲノム情報管理センター（C-CAT）・ゲノムデータ管理室より、がんゲノム医療のゲノムデータを標準化するため、「がんゲノム検査標準化フォーマット、CATS format」v1.2.0 が公開されました。
For standardization of genomic data in cancer genome profiling tests, "CATS (CAncer genomic Test Standardized) format" v1.2.0 is open to the public by the concurrent Section of Genomic Data Management, Center for Cancer Genomics and Advanced Therapeutics (C-CAT).
2022年2月16日: 当分野の共同研究の成果がNeuro-Oncology 誌に発表されました。
Our lab published a paper in Neuro-Oncology.
Hirokazu Takami, Asmaa Elzawahry, Yasin Mamatjan, ..., Mamoru Kato, ..., Koichi Ichimura.
Transcriptome and Methylome Analysis of CNS Germ Cell Tumor Finds its Cell-of-Origin in Embryogenesis and Reveals Shared Similarities with Testicular Counterparts.
Neuro Oncol, 2022
2022年1月14日: 当分野の共同研究の成果がCancer Science 誌に発表されました。
Our lab published a paper in Cancer Science.
Kotoe Oshima, Ken Kato, ..., Ritsuko Onuki, Momoko Nagai, Mamoru Kato, ..., Yuko Kitagawa.
Prognostic biomarker study in patients with clinical stage I esophageal squamous cell carcinoma: JCOG0502-A1
Cancer Science, 2022
2021年12月17日: 当研究室主催者（加藤）が共同編集者を務めたプロシーディングス・ブックが出版されました。
A proceedings book co-edited by Dr. Kato was published.
Mathematical and Computational Oncology
Third International Symposium ISMCO 2021 Proceedings
Lecture Notes in Computer Science, vol. 13060, 2021, Springer
2021年12月10日: 当分野の共同研究の成果がCancer Discovery 誌に発表されました。
Our lab published a paper in Cancer Discovery.
Shinichi Yachida, ..., Mamoru Kato, Eisaku Furukawa, ..., Tatsuhiro Shibata
Comprehensive Genomic Profiling of Neuroendocrine Carcinomas of the Gastrointestinal System
Cancer Discov, 2021
2021年11月6日: 2021年11月 6日
当研究室主催者（加藤）が共同監修を務めた教材テキストが公表されました。
A textbook co-edited by Dr. Kato was published.
臨床におけるがんのゲノム解析研修会～がんゲノム医療の基礎と実践的バイオインフォマティクス～
厚生労働省委託事業「がんの全ゲノム解析に関する人材育成推進事業」
参考：https://www.jca.gr.jp/researcher/society/2021/20211218.html
2021年10月15日: 2021年10月11日
研究発表ユーリ・ナゴルノフさんが ISMCO 2021 で発表を行いました。
Iurii Nagornov presented at ISMCO 2021.
"tugHall version 3.0: a tool to simulate a personal evolution of cancer cells with copy number alterations"
3nd International Symposium on Mathematical and Computational Oncology, Virtual, 2021, October 11-13
2021年9月22日: 当分野の研究がBMC Biology 誌に発表されました。
Our lab published a paper in BMC Biology.
Hanako Ono, Yasuhito Arai, Eisaku Furukawa, Daichi Narushima, ..., Momoko Nagai, ..., Mamoru Kato
Single-cell DNA and RNA sequencing reveals the dynamics of intra-tumor heterogeneity in a colorectal cancer model.
BMC Biology, 2021, 19, 207.1-17
2021年8月5日: 当分野の共同研究の成果がScientific Reports 誌に発表されました。
Our lab published a paper in Scientific Reports.
Shinichi Mizuno et al.
Immunogenomic Pan-cancer Landscape Reveals Immune Escape Mechanisms and Immunoediting Histories
Scientific Reports, 2021,15713.1-13
2021年7月6日: 併任部署　がんゲノム情報管理センター（C-CAT）・ゲノムデータ管理室より、がんゲノム医療のゲノムデータを標準化するため、「がんゲノム検査標準化フォーマット、CATS format」v1.1.0 が公開されました。
For standardization of genomic data in cancer genome profiling tests, "CATS (CAncer genomic Test Standardized) format" v1.1.0 is open to the public by the concurrent Section of Genomic Data Management, Center for Cancer Genomics and Advanced Therapeutics (C-CAT).
2021年2月9日: OncoGuide™ NCCオンコパネルシステムに搭載の解析プログラムcisCall (Kato et al, 2018) とcisInter の製品版が改良され、改良を反映した医療機器一部変更申請が当局に承認されました。
The product version of cisCall (Kato et al, 2018) and cisInter, which is implemented into the OncoGuide™ NCC Oncopanel System, was improved; and the improvement was approved by the government as Partial Changes in the Medical Device Manufacturing Approval.
2021年2月5日: 当分野の研究がData in Brief 誌に発表されました。
Our lab published a paper in Data in Brief.
Iurii S. Nagornov, Jo Nishino, Mamoru Kato
Dataset of tugHall simulations of cell evolution for colorectal cancer
Data in Brief, 2021, 34, 106719
2020年12月1日: 併任部署　がんゲノム情報管理センター（C-CAT）・ゲノムデータ管理室より、がんゲノム医療のゲノムデータを標準化するため、「がんゲノム検査標準化フォーマット、CATS format」v1.0 が公開されました。
For standardization of genomic data in cancer genome profiling tests, "CATS (CAncer genomic Test Standardized) format" v1.0 is open to the public by the concurrent Section of Genomic Data Management, Center for Cancer Genomics and Advanced Therapeutics (C-CAT).
2020年10月30日: ホームページを更新しました。
The homepage is updated.
2020年10月9日: 研究発表ユーリ・ナゴルノフさんが ISMCO 2020 で発表を行いました。
Iurii Nagornov presented at ISMCO 2020.
"tugHall: a tool to reproduce Darwinian evolution of cancer cells for simulation-based personalized medicine"
2nd International Symposium on Mathematical and Computational Oncology, Virtual, 2020, Oct.8-10